O Serviço de Farmácia Hospitalar do São Lucas Hospital, possui 1 Farmácia Central e 4 Farmácias Satélites funcionando 24 horas.
A Farmácia Central está localizada no coração do hospital e ao lado da Farmácia Satélite do Centro Cirúrgico.
Possui Sistema de Distribuição de Materiais e Medicamentos Misto; combinando doses orais, tópicas e inalatórias unitarizadas para cada paciente internado.
A Farmácia da Unidade de Terapia Intensiva localiza-se dentro da UTI, fornecendo materiais e medicamentos prontamente a todos os pacientes internados neste setor tão importante e crítico do hospital.
O Centro Cirúrgico possui uma farmácia, localizada estrategicamente neste setor provida de materiais e medicamentos da melhor qualidade para atender as cirurgias 24 horas por dia.
O Pronto socorro também dispõe de uma farmácia satélite com funcionamento 24 horas, atendendo com precisão a todas as emergências ocorridas neste setor.
Na pediatria o São Lucas Hospital, dispõe de uma farmácia com funcionamento 24 horas, visando atender com qualidade e prontidão a UTI Pediátrica e Neonatal deste setor.
Conta também com uma Central de Abastecimento Farmacêutico, que trabalha com fornecedores pré-qualificados centralizando a aquisição o recebimento e o armazenamento dos medicamentos e materiais médico hospitalares.
O São Lucas conta com uma estrutura adequada de farmacêuticos e, ainda 30 funcionários especializados na área hospitalar atendendo em horário integral o funcionamento do Hospital.
As farmácias recebem estagiários na área de farmácia hospitalar, que desenvolvem atividades curriculares e complementares ao curso de Farmácia da Faculdade Assis Gurgacz e outras Universidades que mantém convênios, para que, com isto estarem em constante aperfeiçoamento no desenvolvimento de suas atividades.